一、公路运输
2005年全市有营运性客运车辆2291辆，非营运性车辆16730辆，客运量达4278.7万人，客运周转量88966万人公里，开通高速客运班线3条，快速客运班线23条；货运车辆13079辆，其中营运性货车8846辆，货运量3594万吨，货物周转量149713.7万吨公里。
二、铁路运输
2005年衢州铁路客运量206．70万人，铁路发送货运量501．4万吨，货物到达量以煤、金属矿石等原材料输入为主，占总到达量的65％；发送量以水泥、化工产品等为主，占总发送量的52％。
[站场设施]车站设有一个客货列车到发场，一个综合型货场，二条专用铁道和二条专用线。并预留衢常铁路到发线二股。到发场现有站线18股，其中可用于接发列车的到发线11股。车站办理接发列车闭塞、线路监控采用国内较为先进的微机联锁系统，具有极强的安全保障。
[客运]为适应浙赣铁路电气化而建设的衢州新客站于2006年5月29日正式启用，站房占地面积达5981平方米，建设面积7216平方米，候车分二层，以电梯输送，一次性可容纳旅客2000人。车站每天接发旅客列车81列，其中办理客运业务的75列，并有开往宁波、淮北的始发列车二对。车站日均上下旅客约7000人。随着电气化工程完工和铁路第六次大提速，衢州乘火车更为快捷、方便，比如到杭州可在二小时以内、到上海可在三小时之内到达。车站售票有十个窗口，同时在市区陆家巷4号及巨化滨五区工商储蓄所各设一处火车票代售点，可发售全国各地火车异地、联程票和返程票。
[货运]车站综合型货场占地面积10万平方米，配有5条货物线、3条存车线、70余个货位，仓库面积2043平方米，可办理整车、零担、集装箱等运输业务。年货物吞吐量达350万吨。货场配有机械门吊4座及多种机械搬运设备，最大起重能力为36吨，全年装卸总作业量达150万吨。
车站设有专用铁道直通巨化、元立等大型企业，并设有二条专门用于粮食运输线路，车站对重点企业及农产品做到“三优先”，即优先服务办理、优先运能配置、优先政策扶持。
三、水路运输
截止2006年6月底，全市有水路客运企业3家，省际普通货船运输企业1家，个体船舶运输户176户；共有客游船44艘828客位2095．82千瓦，省际普通货运船舶9艘1112载重吨920千瓦，市内普通货运船舶518艘6770载重吨2982．04千瓦（其中有驳船344艘4700载重吨），拖船83艘1109．37千瓦。
客运（旅游运输）运价：九龙湖（黄坛口库区）：游船15元／人（乘客在12人以下的按180元／船），游览艇35元／人（乘客在6人以下的按210元／船）。月亮湖（碗窑水库）：10元／人。
货运价格：（1）衢州现有省际普通货船主要从事萧、绍内河的黄砂、煤灰等货物运输，运价约0．08-0．10元吨公里。（2）衢州市内普通货运船舶主要从事河道采石料运输属业主自有产、运、销结合的经营模式，无具体运价。
四、航空运输
2005年衢州机场年客运量1．3万人次，民用物资货运量为0．01万吨。自1993年11月通航以来，航班保持了正常运行。
航班时刻、运价变动情况请及时与衢州民航售票处联系，电话：8870965、8870966。民航售票处至机场每个航班均有班车接送。
五、物流企业
截至6月底，全市汽运系统共拥有大华物流、柳丰物流、双洲物流、远鸿物流等4家主要物流企业，它们都达到了A级物流企业规模，经营范围主要涉及到信息、托运、配载等，上半年吞吐量达到6．16万吨。浙江华升物流有限公司是省现代物流重点联系企业，公司依托巨化集团公司开展经营，形成采购、仓储、供应、运输、配送、信息一体化的高水平专业物流公司，现有管理人员6人，企业年销售收入5亿元。江山虎山集团股份有限公司也是省工商企业物流管理（物流配送）重点联系企业。此外衢州农贸城内有各类货运汽车300余辆，调度室130家，外埠农产品占市场销量50％。
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